Владимир Никонов, и сам нашел ответ:

Лимит в 100 тыс. рублей считается совокупно по всем заявкам от одного инвестора, включая заявки в отношении паев ПИФ. Следить за соблюдением этого лимита будет непосредственно организатор торгов.

Если заявки от инвестора-резидента превысят 100 тыс. рублей, то организатор торгов будет отсекать часть ценных бумаг на сумму превышения. Организатор торгов будет оставлять для выкупа такие бумаги, которые по стоимости будут максимально приближены к 100 тыс. рублей, независимо от того, через кого подана заявка. Исключенные бумаги не будут предлагаться к покупке нерезидентам, и после завершения всей процедуры выкупа они вернутся владельцам. Брокеры, доверительные управляющие и управляющие компании ПИФ также будут контролировать соблюдение указанного лимита при подаче заявки от своего клиента.

Таким образом, для достижения каждым владельцем ИЦБ (включая владельцев инвестиционных паев ПИФ, в составе активов которых есть ИЦБ) максимального результата выкупа ему следует подавать заявки на выкуп таким образом, чтобы общая стоимость данных заявок не превышала 100 тыс. рублей.